Esta es sin duda una de las partes más importantes de todo el proceso de elaboración del pimiento del piquillo de Lodosa y, sobre todo, la más artesanal. Consiste en el pelado, descorazonado y eliminación de semillas; operaciones en las que se retira la piel, el pedúnculo y la masa carnosa del interior en la que van insertas las semillas. Las tres tareas se realizan manualmente, sin sumergirlos ni lavarlos con agua o soluciones químicas.